Hai tháng sau sự kiện Rise of the Tomb Raider,[9] Lara Croft (Camilla Luddington) và bạn của cô, Jonah Maiava (Earl Baylon), đã cố gắng hết sức để ngăn chặn các hoạt động của Tổ chức bán quân sự Trinity. Cả hai đi đến Cozumel ở México, dõi theo dấu vết của Pedro Dominguez (Carlos Leal), người đứng đầu Hội đồng cấp cao Trinity. Tại một địa điểm khai quật gần đó của Trinity, Lara phát hiện ra một ngôi đền ấn chứa Dagger của Chak Chel và dẫn đến đến một thành phố bí ẩn. Những bức tranh thờ chỉ đến Silver Box của Ix Chel và cảnh báo về "Thanh Tẩy", nghi thức Ngày tận thế của người Maya sẽ lên đến đỉnh điểm trong một chu kỳ nhật thực vĩnh viễn. Lara bỏ qua những lời cảnh báo và lấy Dagger để ngăn chặn Trinity mua nó. Dominguez bắt cô và tiết lộ rằng bằng cách lấy Dagger, Lara đã vô tình kích hoạt Thanh Tẩy. Hắn chiếm lấy Dagger, dự định hợp nhất nó với The Box để ngăn chặn Thanh Tẩy và sử dụng sức mạnh đó để định hình thế giới theo như ý hắn. Lara và Jonah thoát khỏi một cơn sóng thần phá hủy Cozumel, như một lời cảnh báo trước về tận thế sắp tới.

Mặc cho căng thẳng giữa họ ngày càng trầm trọng, Lara và Jonah đuổi theo Dominguez đến Amazon. Máy bay của họ bị rơi xuống rừng nhiệt đới Peru trong thảm họa tận thế thứ hai - một cơn bão cực lớn - và cả hai trôi đến Paititi, thành phố ẩn trong các bức tranh tường. Khám phá những ngôi mộ gần đó tiết lộ việc dùng Dagger đâm xuyên qua The Box sẽ đem lại sức mạnh của thần Kukulkan, dùng để ngăn chặn Thanh Tẩy. Lara chứng kiến ​​quân đội Trinity bị tiêu diệt bởi những sinh vật có hình thù giống như người. Khi Lara cứu một cậu bé tên là Etzli (Kamran Lucas), cô và Jonah được đưa vào Paititi bởi mẹ của cậu, Unuratu (Patricia Velásquez), nữ hoàng của thành phố. Lara nhận ra Dominguez đã trở thành lãnh đạo của một giáo phái tế thần Kukulkan, và Unuratu tiết lộ hắn chính là anh họ Amaru, bị Trinity bắt cóc từ lúc nhỏ và nuôi lớn để hoàn thành nghi thức định hình lại thế giới. Unuratu chỉ Lara đường đến lấy The Box, nhưng nó đã bị lấy mất. Tin rằng giáo phái đã có The Box trong tay, Lara và Unuratu định ăn cắp nó lại, nhưng Unuratu bị bắt. Lara cũng gặp lại các sinh vật và biết họ là Yaaxil, người bảo vệ của The Box, và thủ lĩnh Crimson Fire của họ. 

Lara biết rằng The Box đã bịAndres Lopez, một nhà truyền giáo được Trinity gửi đến trong cuộc chinh phục Nam Mỹ của người Tây Ban Nha, đánh cắp từ nhiều thế kỷ trước. Cô giải cứu Unuratu và nhận ra rằng Amaru không hiểu đầy đủ về nghi lễ; chứ không chỉ đơn thuần là thấm nhuần sức mạnh của Kukulkan, nghi lễ hy sinh để ngăn chặn Thanh tẩy. Unuratu bị Chỉ huy Rourke, chỉ huy thứ hai của Amaru, bắn hạ. Trước khi chết, Unuratu cầu xin Lara hoàn thành nghi lễ nhưng cảnh báo cô không được để The Box khống chế. Rourke tấn công Lara và Jonah, hai người bị tách ra khi rời khỏi Paititi. Cả hai gặp lại nhau tại một nhà máy lọc dầu và giải mã vị trí của The Box, một nhiệm vụ thánh chiến gần đó do Lopez sắp đặt.

Lara và Jonah tìm thấy một hầm mộ bí mật bên dưới nhiệm vụ dẫn đến lăng mộ của Lopez và The Box. Amaru chặn họ và buộc Lara phải giao nộp The Box. Hắn thừa nhận chính hắn đã ra lệnh giết cha cô để ngăn ông tìm ra Paititi và công bố nó với thế giới. Lara cố gắng thuyết phục Amaru sử dụng nghi lễ để mang lại lợi ích cho thế giới. Hắn từ chối, vì Thanh Tẩy sẽ chỉ ảnh hưởng đến Paititi. Hắn bỏ Lara và Jonah để thoát khỏi tận thế thứ ba, một trận động đất khủng khiếp.

Trở lại Paititi, Lara và Jonah giúp hoàng đế Etzli mới đăng quang, dẫn đầu cuộc tấn công vào khu đền thờ dưới lòng đất. Họ dự định làm gián đoạn buổi lễ của Amaru trong khi tránh tận thế thứ tư, một vụ phun trào núi lửa. Lara buộc phải tiếp tục chiến đấu một mình. Cô chạm trán với Yaaxil và Crimson Fire, thuyết phục họ giúp ngăn chặn Amaru. Rourke và Hội đồng tối cao Trinity bị Yaaxil tàn sát trong khi Lara lên đường đến đỉnh đền. Amaru bắt đầu nghi lễ và hấp thụ sức mạnh của Kukulkan khi nhật thực bắt đầu. Sau một trận chiến kéo dài, Lara áp đảo Amaru và đâm hắn ta một cách chí mạng. Chấp nhận thất bại, Amaru truyền sức mạnh của Kukulkan cho Lara khi hắn chết. Đúng như lời cảnh báo của Unuratu, cô muốn sử dụng The Box để hồi sinh cha mẹ, nhưng thay vào đó, Crimson Fire giả vờ đâm cô, hy sinh linh hồn của Kukulkan và ngăn chặn sự Thanh Tẩy.

Sau đó, Unuratu đã có thể yên nghỉ, còn Jonah quyết định đi nghỉ dưỡng. Lara ở lại Paititi để giúp Etzli khôi phục thành phố trở lại vinh quang như trước đây. Một cắt cảnh hậu trường cho thấy Lara đang lên kế hoạch cho cuộc phiêu lưu tiếp theo tại Croft Manor, thừa nhận rằng vai trò của cô không phải là giải quyết những bí ẩn của thế giới mà là để bảo vệ chúng.

Nội dung có thể tải xuống

Shadow of the Tomb Raider đã phát hành một vài chương nội dung dưới dạng có thể tải xuống để mở rộng câu chuyện của trò chơi. Mỗi chương đi song song với mạch truyện chính và tập trung vào một ngôi mộ bổ sung. Lara khám phá ra nguồn gốc sự ảnh hưởng của người Maya ở Peru và giải quyết bí ẩn về một công nhân dầu mỏ bị mất tích; tìm thấy một đồ tạo tác để thúc đẩy cuộc nổi dậy của Unuratu, cũng như tìm thấy một bí mật có thể đe dọa điều đó; đối mặt với nỗi sợ hãi tồi tệ nhất của cô khi đi tìm một vũ khí mạnh mẽ; biết bi kịch đã hình thành nên quyết định gia nhập Trinity của Amaru; hỗ trợ một nhóm phiến quân bị Giáo phái Kukulkan bắt; điều tra sự xáo trộn tại một ngôi đền hóa ra là một cái bẫy do Trinity giăng ra; và tìm hiểu số phận của Yaaxil, liệu có sống sót sau trận chiến với Trinity hay không.